Aunque consideran los especialistas que un verdadero bonsai siempre es el que ha sido tratado en Japón, la verdad es que hay bastantes especies vegetales que admiten este tipo de tratamiento, sea a partir de sus semillas, o recogiendo plantones que se encuentren en estado silvestre. En general, se puede decir que son aptos los que tienen hoja pequeña, con enramado frondoso. Estas cualidades las tienen por ejemplo los olmos, endrinos, espinos y abedules, que se pueden obtener con relativa facilidad a partir de semillas. También se incluyen los robles, hayas, castaños de indias y manzanos silvestres. En cuanto a los cerezos, almendros, melocotoneros y ciruelos, que son todos del género "prunus", son también árboles que resultan fáciles de cultivar con el sistema bonsai. Se suele aconsejar que se haga a partir de semillas porque así crecen más despacio y es más fácil darles forma.

Hay otros árboles que arraigan a partir de esquejes y que también son aptos para este tratamiento, tales como los jazmines de invierno y los membrillos, los sauces y los arces, de Japón o Canadá.

Las coníferas son una especie casi "tradicional" del cultivo bonsai. De estos árboles, son aconsejables los alerces, los pinos escoceses y los silvestres.

La encina es otro de los árboles de hoja perenne que resulta fácil de cultivar; tanto si se obtiene a partir de bellotas recién cogidas como de un plantón, tolera muchos tipos de tierra y resulta fácil dirigir sus ramas.

El boj común de los jardines ofrece muy buenos efectos al tratamiento bonsai pues sus hojas son pequeñas. Lo mismo sucede con el "tejo común" y con los cedros.

Una vez elegida la especie, que da por delante un largo aprendizaje de podas y esquejes, de injertos y riegos. Los maestros japoneses tienen a los aprendices varios meses pinzando los brotes de los bonsais, primera lección que debe aprender cualquier novato, con los dedos y sin herramientas. Humilde y simple manera de acercarse a un arte que, más allá de las técnicas jardineras, tiene un trasfondo mucho más complejo y rico.

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