Se desconoce cuando se cultivo el primer Bonsai, pero se sabe que ya los antiguos Egipcios, practicaban este arte por los grabados e inscripciones aparecidas en las pirámides.

Los antiguos Babilonios, parece ser que también practicaban este arte, pues de ellos nos llegan noticias a través de el conocimiento de sus jardines colgantes, que fueron una de las siete maravillas.

Sin lugar a dudas cuando este arte cogió mas apogeo, fue en China durante la dinastía Han que se cultivaron arboles miniaturizados en bandejas planas semejando paisajes con rocas Posteriormente se empezaron a cultivar árboles de forma individual, aunque no se sabe exactamente cuando, a estos arbolitos se les denominaba Pun-Sai , de esta se deriva la palabra Japonesa Bonsai . En realidad los caracteres Chinos y Japoneses, para ambos términos, son idénticos. Cuando en la Edad Media, los Chinos invadieron Japón, introdujeron la religión Budista. En esta religión como en otras, los monjes eran los custodios y portadores de la sabiduría, costumbres y herencia cultural, por lo que no es de extrañar que estos llevan consigo su lenguaje escrito, su arte y sus Bonsais.

Durante siglos, la propiedad y cuidado de los Bonsais, estuvo ligada a los nobles y personas de alta alcurnia. Estos llegaron a reverenciar a estos arboles, que eran reproducidos según los existentes en las altas montañas, a los que se atribuía cualidades espirituales que se creía pasaban a los propietarios de una de sus reproducciones.